Кафедра органічної хімії Ужгородського національного університету створена на хімічному факультеті у 1946 році і проводила викладання на медичному і біологічному факультетах. З 1948 року розпочато навчання студентів хімічного факультету з органічної хімії. 

Першим завідувачем кафедри був ректор УжДУ доцент Л.М. Курішко, а виконання дипломних робіт розпочато у 1950 році. У 1953 році при кафедрі відкрита аспірантура і першим її аспірантом став І.В. Смоланка, який у 1956 р. захистив кандидатську дисертацію.

З 1956 до 1962 року кафедрою завідував проф. І.І Ленарський, з 1962 року до 1974 року – проф. І.В. Смоланка, під керівництвом якого захищено 9 кандидатських дисертацій.  

З 1962 року головним напрямком наукового дослідження кафедри стали роботи в хімії синтетичних біологічно активних речовин. В результаті цього, науковцями синтезовано понад 200 нових гетероциклічних сполук, розроблено нові методи циклізації ненасичених нітрогенвмісних сполук, одержано ряд авторських свідоцтв.  

В 1975 році кафедру органічної хімії очолює Ю.В. Мигалина, який започаткував тематику по синтезу халькогеновмісних органічних речовин ациклічного та гетероциклічного рядів, а з 1996 року під керівництвом завідувача кафедри Василя Георгійовича Лендєла активно проводилися дослідження в напрямку синтезу галогено- та халькогеновмісних гетероциклічних сполук, в результаті яких захищено цілий ряд кандидатських дисертацій.

З 2014 року кафедру очолює Михайло Юрійович Онисько. 

Співробітниками кафедри органічної хімії в різні роки захищено 29 кандидатських дисертацій та 9 докторських дисертацій, в тому числі майбутніми співробітниками Інституту органічної хімії  В.І. Станинець, Ю.І. Геваза, В.М. Бойко, Г.С. Поп, Васькевич Р.І., Орисик В.В., Свалявин О.В.

В даний час, кафедра органічної хімії забезпечує навчальний процес для студентів хімічного, медичного, біологічного, стоматологічного факультетів та факультету туризму.

Кафедра органічної хімії активно працює над дослідженням електрофільної гетероциклізації ненасичених сполук для одержання речовин, які проявляють біологічну активність та можуть бути використані для потреб опто-електроніки (як гібридні органічно-неорганічні перовскіто-подібні матеріали), та в якості сурфактантів і лігандів для виявлення катіонів важких металів. Також ведеться пошук шляхів впровадження енергозберігаючих технологій в синтезах аза-гетероциклів. Програмне забезпечення кафедри дозволяє виконувати теоретичне моделювання структурних параметрів, та прогнозування оптичних і електричних параметрів, а також стабільності та реакційної здатності цільових гібридних матеріалів та їх складових.

У 2022 р. для успішної реалізації наукових задумок кафедра органічної хімії уклала угоди з компаніями «Енамін» та «Укроргсинтез», завдяки яким науково-дослідні лабораторії кафедри були відремонтовані та оснащені сучасним обладнанням. Укладені да пролонговані угоди кафедри про співпрацю з Інститутом органічної хімії дають можливість проводити спільні дослідження, що підвищує рівень наукової продукції.

Співробітники кафедри регулярно виграють  конкурси наукових проектів (в тому числі молодіжних), які фінансуються з бюджетних коштів та коштів ЄС, в тому числі в рамках фінансування НФДУ. Молоді вчені кафедри регулярно є стипендіатами КМУ України та вигравали премії ВР та президента України.