Згідно з Положенням про діяльність НДІ, основними напрямками діяльності та завданнями інституту є:

• комплексний розвиток правової науки, координація, організація проведення фундаментальних та прикладних наукових досліджень у галузі державно-конфесійного права та державно-церковних відносин;
• консолідація інтелектуального потенціалу наукових працівників науково-дослідних установ та професорсько-викладацького складу навчальних закладів юридичного профілю, духовних навчальних закладів та організація науково-дослідницької діяльності в галузі вивчення державно-конфесійних відносин в Україні;
• наукове забезпечення правотворчої діяльності органів державної влади та управління у сфері свободи совісті та віросповідання, підготовка практичних рекомендацій щодо вдосконалення діяльності органів державної влади та місцевого самоврядування;
• вивчення та узагальнення механізмів реалізації актів законодавства у галузі державно-конфесійного права;
• аналіз законопроектів у галузі державно-конфесійного права та державно-церковних відносин у порівнянні із західноєвропейськими та американськими аналогами, узагальнення світового досвіду правового регулювання суспільних відносин у галузі державно-конфесійного права;
• сприяння поширенню правової інформації, формуванню правосвідомості громадян, розвитку юридичної освіти;
• розроблення нових напрямків у галузях правової науки;
• пропаганда досягнень правової науки і сприяння поширенню наукових знань у галузі державно-конфесійного права та державно-церковних відносин.