Наукові напрямки кафедри ботаніки: 

► Дослідження фітобіоти та природних комплексів Карпатського регіону:

- біолого-морфологічні та популяційні дослідження критичних і раритетних таксонів вищих судинних рослин

- раритетна флора Українських Карпат

- ідентифікація, картування та созологічна категоризація оселищ (біотопів) Карпатського регіону України

- соціологічні та синфітосозологічні дослідження рослинних угруповань Карпатського регіону

- дослідження водних та перезволожених природних комплексів Карпат

- дослідження природних та напівприродних комплексів Закарпатської рівнини

- дослідження приполонинних лісів пов'язані з вивченням проблем посилення захисних функцій гірських лісів Карпат

- інвентаризація, дослідження та моніторинг особливо цінних для збереження лісів

- дослідження та оцінка ресурсів лікарських рослин.

► Наукові основи созологічної оптимізації природних комплексів Українських Карпат, розробка нових підходів їхнього екологічного менеджменту:

- створення нових заповідних територій

- дослідження , моніторинг на оптимізація об”єктів ПЗФ

- пілотні моделі активного менеджменту.

► Цитоембріологічні дослідження:

- дослідження дикорослих рослин

- дослідження культурних рослин

- цитогенетичні дослідження хромосомного апарату дикоростучих представників флори

► Озеленення урболандшафтів (дендрологія та ландшафтний дизайн урбопростору):

- оцінка стану;

- розробка 

- нагляд.

► Комп’ютерні банки та бази даних.

► Історія досліджень природи Карпат.

Співробітники кафедри беруть участь в укладанні Червоної книги України, Зеленої книги України, а також регіональних природоохоронних переліків, у розбудові природно-заповідного фонду Закарпаття, у розробці стратегій розвитку області, здійснюють оцінку запасів рослинних ресурсів, ведуть активну еколого-освітню роботу тощо. 

Співробітники кафедри входять до складу науково-технічних рад природо-охоронних установ Закарпаття: Ужанського НПП (Л.М. Фельбаба-Клушина), НПП «Синевир» (О.Б. Колесник), НПП «Зачарований край» (Р.Я. Кіш). Кафедрою ботаніки організовано низку міжнародних науково-практичних конференцій.