Кафедра ботаніки була створена 28 листопада 1945 року разом з біологічним факультетом щойно відкритого Ужгородського університету. Її першим керівником став відомий цитоембріолог Х.Ю. Руденко. Як блискучий організатор, він не лише очолив з перших днів кафедру, а згодом і факультет, але й організував і налагодив роботу ботанічного саду університету та започаткував цитоембріологічний напрямок досліджень, заклавши основи майбутньої ужгородської школи цитоембріологів. Серед його перших учнів доктор біологічних наук, професор В.Ю. Мандрик, яка не тільки продовжила справу вчителя, але й виховала на кафедрі плеяду нової генерації цитоембріологів, які вже самі зараз з успіхом розвивають на новому рівні цей напрямок. 

Знаковою постаттю в історії нашої кафедри був відомий у європейській ботанічній науці флорист, випускник Карлового університету у Празі, доктор біологічних наук, професор С.С. Фодор. Його праця «Флора Закарпаття» (1974) є актуальною й до нині.

Одним з найяскравіших дослідників у історії кафедри ботаніки назавжди залишиться доктор біологічних наук, професор, академік АН Вищої школи України, професор Національного університету «Києво-Могилянська академія» В.І. Комендар. Він продовжив геоботанічний напрямок досліджень, а також став засновником наукової школи популяційної біології. Під його керівництвом виконано і захищено близько 40 кандидатських дисертацій. Вагомі досягнення проф. В.І. Комендаря пов’язані з його природоохоронною діяльністю. Він організував Міжвідомчу науково-дослідну лабораторію охорони природних екосистем, широко пропагував ідеї охорони природи Карпат через пресу і телебачення, зокрема, створивши телеклуб «Шовкова косиця», будучи його ведучим впродовж 20 років. Завдяки його активній позиції природоохоронця нині в Українських Карпатах збережено сотні гектарів пралісів й старовікових лісів, створено десятки природоохоронних територій, серед яких легендарна нині Долина нарцисів – філіал Карпатського біосферного заповідника, Національний природний парк «Зачарований край» та інші. Переважна частина співробітників кафедри ботаніки на сьогодні є учнями В.І. Комендаря, які продовжують його справу.

У різні періоди на кафедрі (окрім вищезгаданих) працювали віддані своїй справі вчені-педагоги, доценти В.В. Крічфалушій, Г.М. Мезев-Крічфалушій, Ю.Ю. Петрус, М.І. Бедей, О.С. Сидор, М.М. Чубірко, Й.М. Чернекі та інші.

Майже півтори тисячі випускників-ботаніків покинули стіни біологічного факультету з дипломом про вищу освіту. 16 з них стали докторами наук і понад 40 – кандидатами біологічних наук.

Нинішній педагогічний колектив кафедри ботаніки представлений викладачами, для яких характерні творча амбіційність і висока професійна компетентність. Це доктор наук, професор Л.М. Фельбаба-Клушина, кандидати наук, доценти І.В. Бесеганич, В.І. Сабадош, О.Б. Колесник, Р.Я. Кіш, Я.С. Гасинець, старший викладач А.Д. Сойма.

При кафедрі функціонують три науково-дослідні лабораторії: Міжвідомча науково-дослідна лабораторія охорони природних екосистем; Ембріологічна лабораторія, Флористична лабораторія, а також Науковий гербарій кафедри ботаніки, який має власний акронім (UU). 

У цитоембріологічній лабораторії

Сьогодні наукова робота на кафедрі сконцентрована на наступних напрямках:

• дослідження фітобіоти та природних комплексів Карпатського регіону;
• наукові основи созологічної оптимізації природних комплексів Українських Карпат, розробка нових підходів їхнього екологічного менеджменту;
• цитоембріологічні дослідження;
• озеленення урболандшафтів (дендрологія та ландшафтний дизайн урбопростору);
• молекулярно-генетичні дослідження.

У молекулярно-генетичній лабораторії

 Окремо варто відмітити новітній напрямок молекулярно-генетичних досліджень, започаткований на кафедрі та й в університеті загалом, нашим випускником професором Оклендського (США) та Ужгородського університетів Т.Х. Олексиком. За цим напрямком сьогодні виконується цикл науково-дослідних робіт, значна частина яких є, загалом, піонерними для України:

- дослідження геномного різноманіття фітобіоти шляхом повногеномного та екзонного секвенування;

- аналіз, фільтрування та інтерпретація геномної інформації, збірка геномів;

- формування біобанку геномного різноманіття, біозразків та зразків ДНК рідкісних і ендемічних таксонів вітчизняної флори;

- створення інформаційної бази для вивчення генетичної різноманітності у популяціях рідкісних рослин Карпатського регіону.

Студенти на практиці у високогір'ї Карпат