Структурними підрозділами ПНДЛ ХЕ є науково-дослідні відділи, які складають колективи виконавців проектів держбюджетних, госпдоговір них, грантових тем та науково-педагогічні працівники кафедр ННІ ХЕ. Співробітництво ПНДЛ ХЕ з іншими науковими установами України та міжнародними науковими установами здійснюється на основі відповідних укладених договорів. Вищим органом управління ПНДЛ ХЕ є науково-технічна рада (НТР) при ПНДЛ ХЕ, склад якої щорічно пере затверджується. До складу НТР ПНДЛ ХЕ входять: директор ПНДЛ ХЕ (голова НТР), вчений секретар (секретар НТР), керівники наукових напрямків, наукові керівники держбюджетних, госпдоговірних, грантових тем.

Склад НТР ПНДЛ ХЕ на 2022 рік: д.х.н. Сливка М.В. (голова НТР), к.х.н. Король Н.І. (секретар НТР), д.х.н. Барчій І.Є.,д.х.н. Онисько М.Ю., д.х.н. Сухарев С.М., к.х.н. Студеняк Я.І., к.х.н. Голуб Н.П., к.х.н. Сідей В.І., к.х.н. Погодін А.І.