Інститут карпатознавства створений на базі археологічної лабораторії Ужгородського державного (нині національного) університету у 1992 році. До його складу увійшли фахівці в галузі археології, історії та фольклористики. В структурі Інституту діяли відділи археології, етнографії та мовознавства. Директорами цього університетського підрозділу були: І. Поп (1992-94 рр.), М. Макара (1994-2000 рр.), М. Вегеш (2000-04 рр.), В. Котигорошко (2004-16 рр.), з 2016 року його очолює І. Прохненко.

У 2007 році відбулася реорганізація Інституту, яка визначила спрямування його досліджень на вивчення давньої та середньовічної історії населення Верхньотиського регіону, як частини Карпато-Дунайського ареалу на базі археологічних досліджень і даних письмових джерел.

Інститутом укладений ряд угод про прикордонне співробітництво з установами суміжних країн (Словаччина – Технічний університет м. Кошице, Інститут археології САН м. Нітра, Музей історії м. Ганушовці над Топлою; Угорщина – Інститут археології УАН м. Будапешт; Румунія – Сату-Марський повітовий музей історії та мистецтв), що дозволило краще висвітлити низку важливих аспектів історії регіону.

Ключовою пам’яткою для досліджень виступає археологічний комплекс (городище і сакральний центр) біля с. Мала Копаня Виноградівського (нині Берегівського) р-ну, де з 1977 року проводяться розкопки горизонтів зламу нашої ери і Х-ХІ ст. На території городища відкриті десятки виробничих майстерень та житлових споруд і значна кількість речового матеріалу І ст. до н.е. - І ст. н.е.

З 2007 року пошуки проводяться і на території замків Закарпаття (Виноградівський, Королівський, Середнянський, Квасівський, Сілецький, Броньківський та Вишковський укріплені пункти), які дозволили поставити реперні точки виникнення та загибелі пам’яток, а також у сукупності з даними письмових джерел були визначені причини виникнення монументального військового зодчества регіону в епоху ХІІІ - XVI ст.

Результати польових і лабораторних досліджень співробітників Інституту відображені в десятках вітчизняних і зарубіжних статей та монографій, апробовані під час виступів на сотнях міжнародних наукових конференцій. У 2021 році спільно з різними підрозділами факультету історії та міжнародних відносин була проведена міжнародна наукова конференція «Проблемні питання давньої історії Карпатського ареалу, присвячена 90-річчю з дня народження проф. Е. Балагурі». Інcтитут видає періодичний збірник наукових праць “Карпатика”, на сьогоднішній день вийшов 41 випуск.

На початку 2010-х рр., у зв’язку з суттєвим зменшенням фінансування науково-дослідних робіт, досліджується виключно археологічна проблематика. До робіт активно залучаються краєзнавці-ентузіасти на громадських засадах. Зі стабілізацією фінансового становища в державі на основі наявного ресурсу Інституту є всі перспективи для розширення і активізації його діяльності. Для цього є вся необхідна матеріально-інструментальна база, науковий потенціал, установчі документи (Положення), інститутська печатка, право на видання наукового збірника «Карпатика».