НДЦІРС «Логос» співпрацює з державними науковими та релігійними установами України і країн Центральної Європи: Ужгородською греко-католицькою богословською академією ім. Блаженного Теодора Ромжі (Ужгород); Мукачівською греко-католицькою єпархією; Богословсько-історичним науково-дослідним центром імені архімандрита Василія (Проніна) (Мукачево); Мукачівською православною єпархією; Інститутом історії церкви Українського католицького університету (Львів); Інститутом релігієзнавства (Львів); Міжнародним науковим інститутом ім. Мілана Шашіка (Ужгород–Рим); Державним архівом Закарпатської області (Ужгород –Берегово); Архівом Управління СБУ в Закарпатській області (Ужгород); Закарпатським обласним благодійним фондом «Хесед Шпіра» (Ужгород); Греко-католицьким теологічним факультетом та Православним теологічним факультетом Пряшівського університету в Пряшеві (Словаччина); Греко-католицькою вищою богословською школою св. Атанасія (Нїредьгаза, Угорщина); Повітовим музеєм м. Сату-Маре (Румунія); Інститутом історії церкви Теологічного факультету Католицького університету в Ружемберку (Ружемберк–Кошице, Словаччина); Католицьким університетом Пийтера Пазманя (Будапешт, Угорщина).