Науково-дослідна частина університету – це структурне об'єднання загальноуніверситетських науково-дослідних підрозділів: науково-дослідних інститутів, проблемних та галузевих науково-дослідних лабораторій, конструкторських, технологічних бюро, кафедральних наукових колективів, відділів і груп управління, яке діє на підставі Статуту університету з метою виконання тематичного плану НДР університету на належному науковому і науково-технічному рівні відповідно до чинного законодавства України, стандартів та інших нормативно-технічних документів, а також підготовки фахівців вищої кваліфікації.

Керівництво науково-дослідною роботою університету з часу його заснування здійснювали проректори з наукової роботи Василь Михайлович Кушко, д.мед.н. (1947-1949); Микола Павлович Редько, к.філос.н. (1950-1956); Василь Степанович Петрус,  к.мед.н. (1959-1970); Степан Максимович Кишко, к.ф.-м.н. (1970-1986); Володимир Юлійович Сливка, д.ф.-м.н. (1986-1988); Іван Дмитрович Туряниця, д.ф.-м.н. (1989-1993); Юліан Миронович Височанський, д.ф.-м.н. (1993-2005; 2012-2014); Ігор Петрович Студеняк, д.ф.-м.н. (2005-2012; 2014-2021); Фекета Володимир Петрович,  д.б.н.,проф. (2021-2022); Миронюк Іван Святославович, д.мед.н., проф. (2022 -  дотепер).

НДЧ університету створено в листопаді 1993 року. Вона є правонаступницею науково-дослідного сектору, створеного у 1966 році. Упродовж чотирьох десятиріч НДЧ очолювали: Г. П. Толстова (1966–1978), к.е.н. П. Ю. Студеняк (1978–1980), к.б.н. В. О. Ходак (1980–1983), д.ф.-м.н. В. В. Химинець (1983–1988), д.ф.-м.н. Ю. М. Височанський (1988–1991), к.ф.-м.н. М. Ю. Баран (1991-2013), а з 2013 року до 2019 р. к.ф.-м.н. І. А. Грабова. З 2019 року обов’язки виконує К. Л. Ковальчук. Зазнала змін і сама структура НДЧ, в якій на вимогу часу для ефективного розв’язання поставлених завдань з’являлися нові підрозділи, але незмінними залишалися високий професіоналізм працівників та якість виконаних науково-дослідних робіт. 

Ужгородський національний університет є одним з найбільших патентовласників із захисту оригінальних технічних рішень серед вищих навчальних закладів України. За роки діяльності патентно-ліцензійного відділу одержано понад 1064 охоронних  документів, зокрема науково-педагогічні працівники університету стали авторами  патентів України  на винахід – 459, корисну модель – 604  та промисловий зразок – 1.

Звання заслуженого винахідника України присвоєно таким співробітникам університету:

• професору кафедри аналітичної хімії  Й.С. Балог (1995 р.);
• професору кафедри хірургічних хвороб (з курсами онкології і рентгенорадіології) Ф.Ф. Теличкові (1995 р.);
• професору кафедри фізичних основ мікроелектроніки М.І. Довгошею (1996 р.);
• професору кафедри аналітичної хімії Я.Р. Базелю (2006 р.);
• доценту кафедри факультетської терапії М.І. Лазорику (2008 р.);
• професору кафедри онкології (з курсом радіаційної медицини та реаніматології) А.В. Русину (2009 р.);
• доценту кафедри неорганічної хімії Ю.Ю. Цмуру (2010 р.);
• професору кафедри  факультетської терапії О.І. Лемко (2014 р.);
• професору кафедри технології машинобудування Ю.Ю. Жигуцу (2018 р.).

Упродовж останнього десятиріччя активною винахідницькою діяльністю відзначилися такі нуково-педагогічні працівники університету:А.І. Погодін, М.Й. Філеп, О.К. Шуаібов,Н.В. Бойко,  Р.В. Грицак, О.П. Кохан,  Т.О. Малаховська, А.О. Малініна, Ю.Ю. Жигуц,  М.В. Сливка, Н.І. Король, Б.М. Шарга, М.В. Кривцова та  Є.Я. Костенко.

Науковцями університету оформлено та одержано 36 ліцензійних договорів. Найбільшу кількість ліцензійних договорів  укладено науково-педагогічними працівниками медичного та стоматологічного факультетів.

Невід’ємною частиною науково-дослідної роботи університету є наукова діяльність молодих учених та студентів. Молоді вчені УжНУ регулярно беруть участь у конкурсах, які оголошує Міністерство освіти і науки України, здобувають міжнародні стипендії (Вишеградський фонд, програма академічної мобільності SAIA, ERASMUS та інші програми), публікують статті у провідних фахових виданнях України та провідних наукових виданнях інших держав, що входять до наукометричних баз даних, отримують патенти України, беруть активну участь у міжнародних та всеукраїнських конференціях.

Наказом ректора №220/01-17 від 13.12.2016 року створено Стартап-центр та затверджено Положення про порядок проведення конкурсу інноваційних ідей «Стартап –УжНУ» з метою підтримки наукових розробок студентів, аспірантів та молодих вчених, організації ними дослідницьких груп для вирішення актуальних наукових завдань, формування творчого покоління молодих науковців університету. Мета діяльності Стартап-центру УжНУ – запровадження в університеті інформаційної, організаційної, навчальної і технічної підтримки студентів, аспірантів та молодих вчених, які прагнуть впроваджувати у виробництво результати наукових досліджень та інноваційні ідеї з ефективним застосуванням сучасних IT-технологій; сприяння розвитку економічного мислення, комунікативних і лідерських якостей, навичок менеджменту, бізнесової діяльності.

Основними завданнями та функціями  Стартап-центру УжНУ є:

• залучення фахівців та викладачів університету, представників бізнесу, впливових громадських організацій до реалізації заходів, які сприятимуть інтелектуальному і творчому співробітництву студентів, аспірантів та молодих науковців у сфері розробки інноваційних стартап-проєктів з використанням сучасних IT-технологій;
• створення навчальних, науково-методичних й інформаційних центрів, надання консультацій з доступу до навчальних матеріалів і програмного забезпечення;
• надання технічних та програмних IT-ресурсів для спільної роботи стартап-команд, удосконалювання навичок ведення та розвитку інноваційного бізнесу;
• проведення навчання з основ підприємництва, управління інноваційними проєктами, сучасних IT- та бізнес-компетенцій;
• забезпечення інформаційної підтримки інноваційної стартап-діяльності на регіональному та міжнародному рівнях, підтримка роботи веб-сайту Стартап-центру УжНУ;
• організація та проведення щорічного конкурсу інноваційних ідей Стартап-УжНУ серед студентів, аспірантів та молодих вчених, які навчаються або працюють в університеті.

Відповідно до наказу МОН України № 444 від 02.05.2018 року «Про створення центрів колективного користування науковим обладнанням», з метою модернізації та оновлення лабораторної бази, отримання результатів досліджень та розробок на сучасному науковому рівні, на базі УжНУ створено центр колективного користування науковим обладнанням «Лабораторія експериментальної та прикладної фізики» (ЦККНО «ЛЕПФ»). Співзасновники центру колективного користування науковим обладнанням − Прикарпатський національний університет імені Василя Стефаника та Івано-Франківський національний технічний університет нафти і газу.

ЦККНО «ЛЕПФ» створено з метою найбільш раціонального використання унікальних і дороговартісних наукових приладів та обладнання вітчизняного або імпортного виробництва, яке неможливо або недоцільно придбати кожній науковій установі з централізованих коштів та інших джерел фінансування МОН України.

Пріоритетними тематичними напрямами наукової діяльності  університету є:

•  фундаментальні проблеми сучасного матеріалознавства;
•  найважливіші проблеми фізико-математичних і технічних наук;
•  фундаментальні проблеми наук про життя та розвиток біотехнологій;
•  фундаментальні дослідження з актуальних проблем суспільних та гуманітарних наук;
•  технології моделювання та прогнозування стану навколишнього середовища;
•  нові апаратні рішення для перспективних засобів обчислювальної техніки, інформаційних та комунікаційних технологій;
•  цільові дослідження з питань гармонізації системи «людина – світ» та створення  новітніх технологій покращення  якості життя;
•  конструювання й технології створення нових лікарських засобів на основі спрямованого дизайну біологічно активних речовин та використання наноматеріалів;
•  цільові дослідження щодо отримання нових матеріалів, їх з’єднання й опрацювання.

Основними завданнями НДЧ у галузі наукової, науково-технічної діяльності є:

•  Розвиток фундаментальних досліджень у галузі природничих, гуманітарних, психолого-педагогічних, соціально-економічних наук з метою їх подальшого використання для розвитку пріоритетних напрямів науки і техніки, суспільного розвитку та розбудови економіки країни.
•  Виконання прикладних досліджень і розробок з метою ефективного використання і розвитку наукового потенціалу, залучення додаткових коштів для вирішення соціальних та інших завдань галузі.
•  Дослідження і розробка теоретичних та методологічних основ розвитку вищої освіти, підсилення впливу науки на вирішення завдань освіти і виховання, збереження і зміцнення визначального характеру науки в розвитку суспільства, культури, економіки.
•  Підтримка існуючих та формування нових наукових шкіл.
•  Здійснення заходів щодо підтримки наукових досліджень молодих учених та обдарованих студентів, залучення їх до наукових шкіл.
•  Забезпечення підготовки в університеті кваліфікованих фахівців, наукових та науково-педагогічних кадрів вищої кваліфікації на основі новітніх досягнень науково-технічного прогресу.
•  Ефективне використання наукового і науково-технічного потенціалу вищої школи для вирішення пріоритетних завдань оновлення виробництва та проведення соціально-економічних перетворень.
•  Розвиток нових, прогресивних форм науково-технічного співробітництва із закордонними і вітчизняними осередками академічної та галузевої науки з метою спільного вирішення найважливіших науково-технічних завдань, створення високих технологій і розширення використання наукових розробок у промисловості.
•  Розвиток інноваційної діяльності для створення науково-технічної продукції та конкурентоспроможних зразків нової техніки і матеріалів, орієнтованих на ринок високих технологій.
•  Сприяння захисту інтелектуальної власності та авторських прав дослідників як основи зміцнення і розвитку науки, виходу на світовий ринок високотехнологічної продукції.
•  Модернізація та оновлення експериментально-виробничої бази університету та ефективне її використання.
•  Організація інформаційної та видавничої діяльності, популяризація досягнень науки вищої школи через засоби масової інформації, мережу Інтернет.
•  Проведення кон'юнктурних досліджень ринку наукових послуг, патентно-ліцензійної роботи, здійснення маркетингового, інформаційного забезпечення та трансферу науково-технічної продукції відповідно до міжнародних стандартів.
•  Розроблення та наповнення змісту стандартів вищої освіти з урахуванням досягнень світової науки і техніки.

Положення про науково-дослідну частину ДВНЗ "УжНУ".